哥吉拉首次袭击一年后，东京重建尚未完成，地震频发的同时另一只钻地怪兽“安吉拉斯”开始攻击沿海城市。自卫队束手无策时，哥吉拉从太平洋深处出现，不是为了毁灭人类，而是为了追杀安吉拉斯——它的天敌。两只巨兽在大阪城展开决战，哥吉拉最终咬断安吉拉斯的喉咙。胜利后它回头看了一眼惊慌的人类，转身沉入海沟。科学家山根博士在结尾说：“我们开发了原子弹，释放了哥吉拉。但今天我们才明白，大自然有自己的秩序，人类不过是借住的客人。”
续集比第一部更有深度，哥吉拉从纯粹的“破坏神”变成了“自然平衡者”。那个回头的镜头，充满了悲悯与讽刺。
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