2020年，八神太一已是高中生。一天，东京全城网络故障，所有人的手机应用图标突然黑化并实体化为数码兽攻击人类。太一和妹妹光的手机同时出现“重启”按钮，点击后，他们再次被吸入数码世界。然而这次，搭档亚古兽失去了所有记忆。更惊人的是，敌人不是黑暗四天王，而是“应用兽”——由人类不良使用习惯（沉迷短视频、过度自拍、网络暴力等）生成的负面数码兽。太一发现，自己曾使用过的所有App（社交、游戏、购物）都变成了迷宫里的Boss。与此同时，素娜、阿和等人也陆续加入，但光子郎被困在一个名为“算法牢笼”的数据库里。最终，他们必须回到人类世界，当着所有网民的面，卸载掉最具毒性的App——“匿名喷子论坛”，才能切断敌人的能量来源。
重启力度极大，将网络成瘾和社会议题融入数码兽设定，非常有时代感。虽然老粉可能不适应新设，但战斗场面全面升级，光子郎线的反转催人泪下。
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